A falta de recursos obrigou o Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) a cancelar a Contagem da População 2016. Em nota, o Ministério do Planejamento, responsável pelo IBGE, confirmou  o cancelamento da pesquisa.

Segundo o Planejamento, o alto custo da pesquisa, orçada em R$ 2,6 bilhões, foi o fator responsável pelo cancelamento. O montante não está previsto no Orçamento de 2015. Estão mantidas as demais pesquisas do IBGE, como o Sistema de Contas Nacionais, a Pesquisa Nacional por Amostra de Domicílios Contínua, a Pesquisa de Orçamentos Familiares e o Censo Agropecuário de 2017.

Sem a Contagem da População, um novo levantamento populacional só será feito no Censo de 2020. Usada no cálculo dos repasses da União aos estados e aos municípios, a Contagem da População é feita por amostragem e não exige a ida de técnicos do IBGE de casa em casa, como no censo.

Apesar da amostra menor, a pesquisa envolve cerca de 80 mil recenseadores. A compra de equipamentos e a contratação de trabalhadores temporários começariam a ser planejadas em 2015 para a execução do levantamento em 2016. Sem a Contagem da População, estados e municípios receberão repasses federais com base em estimativas do IBGE.